എലത്തൂർ ട്രെയിൻ തീവെയ്പ്പ് കേസ് എൻഐഎ ഏറ്റെടുത്തു. കേന്ദ്ര ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയം ഇതുസംബന്ധിച്ച ഉത്തരവ് പുറത്തിറക്കി. എൻഐഎ യുടെ കൊച്ചി യൂണിറ്റിനാണ് അന്വേഷണ ചുമതല. നേരത്തെ പ്രതി ഷാരൂഖ് സെയ്ഫിക്കെതിരെ യുഎപിഎ ചുമത്തുകയും, അക്രമത്തിൽ തീവ്രവാദ ബന്ധം ആരോപിച്ച് എൻഐഎ കേന്ദ്ര ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയത്തിന് പ്രാഥമിക റിപ്പോർട്ട് കൈമാറുകയും ചെയ്തിരുന്നു. തീവ്രവാദ ബന്ധത്തിന്റെ സൂചനകൾ ലഭിച്ച സാഹചര്യത്തിൽ കേസിൽ വിശദമായ അന്വേഷണം വേണമെന്നാണ് എൻഐഎയുടെ നിലപാട്. അക്രമണത്തിൽ എൻഐഎ പരിശോധന നടത്തിയിരുന്നു. കൊച്ചി, ബെംഗളൂർ എന്നിവടങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള എൻഐഎ സംഘമാണ് കണ്ണൂരിലെത്തി അന്വേഷണം നടത്തിയത്. കണ്ണൂർ-ആലപ്പുഴ എക്‌സിക്യൂട്ടീവ് എക്‌സ്പ്രസിലെ ഡി1, ഡി2 ബോഗികളാണ് എൻഐഎ പരിശോധിച്ചത്.

ഏപ്രിൽ 2 ന് രാത്രി കോഴിക്കോട് നിന്ന് പുറപ്പെട്ട ട്രെയിനിലാണ് ആക്രമണമുണ്ടായത്. രാത്രി 9.11 നാണ് ആലപ്പുഴയിൽ നിന്നെത്തിയ ട്രെയിൻ കോഴിക്കോട് സ്റ്റേഷനിൽ നിന്ന് കണ്ണൂരിലേയ്ക്ക് പുറപ്പെട്ടത്. ട്രെയിൻ കോരപ്പുഴ പാലത്തിലെത്തിയതോടെ കോച്ചിലേക്ക് കടന്ന് വന്ന ഷാരുഖ് സെയ്ഫി കയ്യിലുണ്ടായിരുന്ന കുപ്പിയിൽ നിന്ന് പെട്രോൾ ഒഴിച്ച് തീയിടുകയായിരുന്നെന്ന് ദൃക്സാക്ഷികൾ പൊലീസിനോടും മാധ്യമങ്ങളോടും പറഞ്ഞു. തീ ആളിപ്പടർന്നതോടെ കോച്ചിലെ യാത്രക്കാർ മറ്റ് കോച്ചുകളിലേയ്ക്ക് ഓടിരക്ഷപ്പെടുകയായിരുന്നു. പരിക്കേറ്റ അഞ്ച്‌പേരെ കോഴിക്കോട് മെഡിക്കൽ കോളജ് ആശുപത്രിയിലും മൂന്നുപേരെ സ്വകാര്യ ആശുപത്രിയിലും പ്രവേശിപ്പിച്ചു.

പ്രതിയുടെ ബാഗ് ട്രാക്കിൽ നിന്ന് പോലീസ് കണ്ടെത്തുകയുണ്ടായി. പട്രോൾ അടങ്ങിയ കുപ്പി, സ്ഥലപ്പേരുകളുടെ കുറിപ്പ്, ഇംഗ്ലീഷിലും ഹിന്ദിയിലുമെഴുതിയ ദിനചര്യ കുറിപ്പ്, ടിഫിൻ ബോക്‌സ്, ഫോൺ എന്നിവ കേന്ദ്രീകരിച്ചായിരുന്നു ആദ്യ അന്വേഷണം. സംഭവത്തിൽ ഒമ്പത് പേർക്ക് പരിക്കേറ്റിരുന്നു, ഒരു കുട്ടിയടക്കം മൂന്ന് പേരെ റെയിൽവേ ട്രാക്കിൽ മരിച്ച നിലയിലും കണ്ടെത്തി. കോച്ചിൽ തീയിട്ടപ്പോൾ രക്ഷപ്പെടാനായി ചാടിയതിനെ തുടർന്നായിരുന്നു ഇവരുടെ മരണം.

ഏപ്രിൽ 5 നാണ് പ്രതി ഷാരൂഖ് സെയ്ഫിയെ പൊലീസ് പിടികൂടിയത്. മഹാരാഷ്ട്രയിൽ നിന്നാണ് ഇയാളെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. മഹാരാഷ്ട്ര ആന്റി ടെററിസ്റ്റ് സ്‌ക്വാഡ് ഏപ്രിൽ 4 ന് രാത്രി പ്രതിയെ കസ്റ്റഡിയിൽ എടുത്തു. കേരള പോലീസിലെ തീവ്രവാദ വിരുദ്ധ സ്‌ക്വാഡിലെ അംഗങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുന്ന സംഘമാണ് മഹാരാഷ്ട്രയിലെത്തി പ്രതിക്കുവേണ്ടി തിരച്ചിൽ നടത്തിയത്. ഏപ്രിൽ 6-ന് രാവിലെ പ്രതി ഷാരൂഖ് സെയ്ഫിയുമായി കേരളാ പൊലീസിന്റെ പ്രത്യേക അന്വേഷണസംഘം  കോഴിക്കോടെത്തി. യാത്രയ്ക്കിടയിൽ പ്രതിയെ കൊണ്ടുവന്ന വാഹനത്തിന്റെ ടയർ കണ്ണൂരിലെ കാടാച്ചിറയിൽവച്ച് പഞ്ചറായി. ഒരു മണിക്കൂറിന് ശേഷമാണ് പ്രതിയെ മറ്റൊരു വാഹനത്തിൽ കയറ്റി കോഴിക്കോടിന് കൊണ്ടുപോയത്. വൈദ്യപരിശോധനയ്ക്ക് ശേഷം പ്രതിയെ കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കി. പിന്നീട് ക്രമസമാധാന വിഭാഗം എ.ഡി.ജി.പിയുടെ നേത്യത്വത്തിൽ ചോദ്യം ചെയ്തു. പ്രതിയെ കേരള പൊലീസിന് കൈമാറുന്നതിന് മുൻപായി എൻ.ഐ.എ.യും മഹാരാഷ്ട്ര എടിഎസും ചോദ്യം ചെയ്തു. തുടർന്ന് വൈദ്യപരിശോധന പൂർത്തിയാക്കി കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കിയശേഷമാണ് പ്രതിയുമായി പൊലീസ് സംഘം കേരളത്തിലെത്തിയത്. കഴിഞ്ഞ 11 ദിവസമായി പ്രതി പൊലീസ് കസ്റ്റഡിയിലാണ്. ഓടുന്ന ട്രെയിനിൽ യാത്രക്കാർക്കു നേരെ പ്രതി ബോധപൂർവം പെട്രോൾ ഒഴിച്ചു തീ കൊളുത്തുകയായിരുന്നു എന്ന് തെളിഞ്ഞിട്ടുണ്ട്.