ഇറാന്റെ പരമോന്നത നേതാവ് സയ്യിദ് അലി ഹുസൈനി ഖമൈനി തിങ്കളാഴ്ച ഗാസ, മ്യാൻമർ എന്നീ സ്ഥലങ്ങൾക്കൊപ്പം ഇന്ത്യയെയും മുസ്‌ലിംങ്ങൾ ദുരിതമനുഭവിക്കുന്ന സ്ഥലങ്ങളിലൊന്നാണെന്ന് അഭിപ്രായപ്പെട്ടു. ഇറാന്റെ നിലപാടിനെ "ശക്തമായി അപലപിച്ച" ഇന്ത്യ അവയൊക്കെ "തെറ്റായ വിവരമുള്ളത്" എന്നും "സ്വീകാര്യമല്ല" എന്നും വ്യക്തമാക്കി.

“ഇസ്‌ലാമിന്റെ ശത്രുക്കൾ എല്ലായ്‌പ്പോഴും ഒരു ഇസ്‌ലാമിക ഉമ്മത്ത് എന്ന ഞങ്ങളുടെ സ്വത്വത്തിന്റെ കാര്യത്തിൽ ഞങ്ങളെ നിസ്സംഗരാക്കാൻ ശ്രമിച്ചിട്ടുണ്ട്. മ്യാൻമറിലോ ഗാസയിലോ ഇന്ത്യയിലോ മറ്റേതെങ്കിലും സ്ഥലത്തോ ഒരു മുസ്‌ലിം  അനുഭവിക്കുന്ന കഷ്ടപ്പാടുകളെ കുറിച്ച് നാം ശ്രദ്ധിക്കാതെ പോയാൽ നമുക്ക് സ്വയം മുസ്‌ലിങ്ങളായി കണക്കാക്കാനാവില്ല." എന്നായിരുന്നു എക്‌സിലെ പോസ്റ്റിൽ ഖമൈനി അഭിപ്രായപ്പെട്ടത്.

ഈ പോസ്റ്റ് വന്ന് വൈകാതെ ഇന്ത്യ തിരിച്ചടിച്ചു. "ഇറാന്റെ പരമോന്നത നേതാവ് നടത്തിയ അസ്വീകാര്യമായ അഭിപ്രായങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള പ്രസ്താവന" എന്ന തലക്കെട്ടിലാണ് ഇന്ത്യൻ വിദേശകാര്യ മന്ത്രാലയം ഇതിനെതിരെ പ്രസ്താവന പുറപ്പെടുവിച്ചത്. ഇറാൻ പരമോന്നത നേതാവ് ഇന്ത്യയിലെ ന്യൂനപക്ഷങ്ങളെക്കുറിച്ച് നടത്തിയ അഭിപ്രായങ്ങളെ ഞങ്ങൾ ശക്തമായി അപലപിക്കുന്നു. ഇവ തെറ്റായ വിവരങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയതും അസ്വീകാര്യവുമാണ്. ന്യൂനപക്ഷങ്ങളെക്കുറിച്ച് അഭിപ്രായം പറയുന്ന രാജ്യങ്ങൾ മറ്റുള്ളവരെക്കുറിച്ച് എന്തെങ്കിലും നിരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്തുന്നതിന് മുമ്പ് സ്വന്തം രാജ്യത്തെ നോക്കണമെന്നും. അഭിപ്രായപ്പെട്ടു.

1989 മുതൽ ഇറാന്റെ ആത്മീയ നേതാവായ  ഇന്ത്യയെ മുസ്‌ലിംങ്ങൾ ദുരിതമനുഭവിക്കുന്ന സ്ഥലമായി വിശേഷിപ്പിക്കുന്നത് ഇതാദ്യമല്ല. യാതൊരു പ്രകോപനം പ്രത്യക്ഷത്തിലില്ലാതിരിക്കെ ഇങ്ങനെയൊരു അഭിപ്രായം പ്രകടിപ്പിക്കാനുള്ള പ്രേരണയെന്താണെന്ന് അവ്യക്തമാണ്. 

വടക്കുകിഴക്കൻ ഡൽഹിയിൽ കലാപം നടന്ന 2020 മാർച്ചിൽ, ഖമൈനി ആ സംഭവത്തെ  "മുസ്‌ലിങ്ങളുടെ കൂട്ടക്കൊല" എന്ന് വിളിക്കുകയും "ഇസ്‌ലാമിക ലോകത്ത് നിന്ന് ഒറ്റപ്പെടൽ" ഒഴിവാക്കാൻ "തീവ്ര ഹിന്ദുക്കളെയും അവരുടെ പാർട്ടികളെയും" തടയാൻ ഇന്ത്യയോട് അഭ്യർത്ഥിക്കുകയും ചെയ്തു. 

“ലോകമെമ്പാടുമുള്ള മുസ്‌ലിംങ്ങളുടെ ഹൃദയങ്ങൾ ഇന്ത്യയിലെ മുസ്‌ലിംങ്ങളെ കൂട്ടക്കൊല ചെയ്തതിൽ ദുഃഖിക്കുന്നു. ഇസ്‌ലാമിന്റെ ലോകത്തിൽ നിന്ന് ഇന്ത്യ ഒറ്റപ്പെടുന്നത് തടയാൻ തീവ്ര ഹിന്ദുക്കളെയും അവരുടെ പാർട്ടികളെയും ഇന്ത്യൻ സർക്കാർ നേരിടണം. മുസ്‌ലിംങ്ങളുടെ കൂട്ടക്കൊല അവസാനിപ്പിക്കണം. #IndianMuslimslnDanger എന്ന ഹാഷ്ടാഗോടെയാണ് അന്ന് അദ്ദേഹം ട്വീറ്റ് ചെയ്തിരുന്നത്.

ജമ്മു കശ്മീരിലെ ആർട്ടിക്കിൾ 370 ബി ജെ പി സർക്കാർ റദ്ദാക്കിയതിന് രണ്ടാഴ്ചയ്ക്ക് ശേഷം, 2019 ഓഗസ്റ്റിൽ, കശ്മീരിലെ മുസ്‌ലിങ്ങളുടെ അവസ്ഥയെക്കുറിച്ച് ഖമൈനി ആശങ്ക പ്രകടിപ്പിച്ചിരുന്നു.

കശ്മീരിലെ മുസ്‌ലിങ്ങളുടെ അവസ്ഥയെക്കുറിച്ച് ഞങ്ങൾക്ക് ആശങ്കയുണ്ട്. ഞങ്ങൾക്ക് ഇന്ത്യയുമായി നല്ല ബന്ധമുണ്ട്,  കശ്മീരിലെ ജനങ്ങളോട് ഇന്ത്യൻ സർക്കാർ നീതിപൂർവകമായ നയം സ്വീകരിക്കുമെന്നും ഈ മേഖലയിലെ അടിച്ചമർത്തലും ഭീഷണിപ്പെടുത്തലും തടയുമെന്നും ഞങ്ങൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു, ” എന്നായിരുന്നു അന്ന് അദ്ദേഹം ട്വീറ്റ് ചെയ്തത്. ഈ പരാമർശവും ഇന്ത്യ തള്ളിക്കളഞ്ഞിരുന്നു .

2002ലെ ഗുജറാത്ത് കലാപം, അതിന്  ഒരു പതിറ്റാണ്ട് മുമ്പ് 1992ലെ ബാബറി മസ്ജിദ് തകർത്ത സംഭവത്തിലും ഇറാൻ ഇന്ത്യയെ വിമർശിച്ചിരുന്നു.

1992, 2002, 2020 ൽ ഇന്ത്യൻ മുസ്‌ലിങ്ങളെക്കുറിച്ച് ഖമൈനി അഭിപ്രായപ്രകടനം നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇതിനൊക്കെ പുറമെ വിവിധ അവസരങ്ങളിൽ അദ്ദേഹം കശ്മീർ വിഷയം ഉന്നയിച്ചിട്ടുണ്ട്.